遗传因素是导致重度智力低下的主要原因之一。据报道，在发达国家，由遗传疾病所致的智力低下占重度智力代下总数的一半以上。虽然智力低下的各种特异遗传因素 一般较少见(Down综合征除外)，但在严重智力缺陷患者中，有遗传病因的总数还是很大的。
在伴有智力低下的遗传疾病中，尤其应引起重视的是脆性X综合征。最近儿童智商测试仪已发现该征是导致智力低下的一种主要的性染色体异常。由该征所致的智力低下占重度智力低下的5%左右，在轻度智力低下中所占比例更大。据Herbs的研究认为，由染色体异常引起的智力低下中，由该征所致者占第2位，仅次于21-三体综合征。一些染色体细微异常也可引起智力低下，从而使染色体异常在智力低下致 病原因中的地位更加引人注目。先天感染因素也是导致儿童智力低下的又一重要原因之一。
另外儿童智商测试仪根据国内外众多有关研究发现，孕期营养不良是宫内胎儿生长迟滞的主要原因之一。凡母亲营养不良者，小儿体格发育均明显迟缓，这种小样儿常伴有智能低、行为 障碍或其他方面的障碍，如阅读、书写方面的问题或伴有精神运动发育全面迟滞，特别是语 言发育落后。同时，其发育商(DQ)也较正常儿低。但一般均认为这些迟滞现象可能发生在婴 儿期，随着年龄增长，智能迟滞有减少趋势。营养不良对智力发育影响的另一种形式是营养不足的孕妇易生下低体重儿(LBW)、未成熟儿或足月小样儿。
